1935年（昭和10年）4月17日　福岡市に生まれる。北満　大分開拓団の小学校に入学。中学・高校は大分県日田市に過す。

1954年（昭和29年）東京大学入学　理学部生物学科を経て生物系大学院に進む。

1960年（昭和35年）学習研究社映画局入社。記録映画製作に従事する。

1968年（昭和43年）学研退社、本格的な著作活動に入る。「われら動物みな兄弟」で第16回エッセイストクラブ賞受賞。

1971年（昭和46年）北海道厚岸郡の無人島に熊や馬を連れて移住。翌年、浜中町に移って「動物王国」を建国する。その後、動物たちとの心温まる交流を書き続ける。

1977年（昭和52年）第25回菊池寛賞を受賞。著書は「畑正憲作品集」「ムツゴロウの青春記」「ムツゴロウの動物交際術」など多数。

1978年　北海道中標津町に自宅とムツ牧場設立。現在に至る。

1979年 (昭和54年)映像部門進出の為、（株）ムツプロ設立。　本社北海道、東京支社青山　現在に至る。

1980年(昭和55年)テレビシリーズ 「ムツゴロウとゆかいな仲間たち」始まる。21年間世界中を旅する。

1986年（昭和61年）映画「子猫物語」を監督。 世界中で愛される作品となる。

2003年（平成15年）訳書「輝ける日々」（ダニエル・スティール）

2004年（平成16年）画集「ムツゴロウとゆかいな動物たち」

2006年（平成18年）「人という動物と分かりあう」ムツゴロウの世界動物紀行「南米・モーリシャス篇」「アフリカ篇」「ニュージーランド・中国篇」「アラスカ篇」「シルクロード篇」「インド・トルコ篇」

2007年（平成19年）「犬はどこから…そしてここへ」

2008年（平成20年）「ムツゴロウの東京物語」　

2009年（平成21年）「ムツゴロウのニッポン物語」。関西で初の個展　

2011年（平成23年）最新書「ムツゴロウの地球を食べる」

2011年 (平成23年） 銀座での個展は２８年目となる。

2011年（平成23年）日本動物学会教育賞受賞　

2012年（平成24年）ＢＳフジ「ムツゴロウのゆかいな動物図鑑」放送開始

2013年（平成25年）訳書「びっくりどうぶつフレンドシップ」（Ｊ.S.ホランド）

2014年 (平成26年）第11回万年筆ベストコーディネイト賞受賞

2016年 (平成28年) 銀座の個展33周年を迎える。「畑正憲の精密麻雀」再版